Естественный иммунитет в отношении бактериальной дизентерии выражен в значительной степени, поэтому проникновение бактерий в организм не всегда сопровождается развитием заболевания. Больше того, при искусственном заражении людей большими дозами S. flexneri не всегда возникало заболевание. Однако при ослаблении защитных функций организма, например в случае перегревания, переутомления, недоедания и авитаминозов степень естественного иммунитета резко падает, особенно у детей от 1 года до 4 лет. Повышение устойчивости к дизентерии в более старшем возрасте, очевидно, объясняется процессами естественной иммунизации.