Во время эпидемий дизентерии обнаруживаются различные виды дизентерийных бактерий с преобладанием какого-нибудь одного вида. В последние годы чаще всего обнаруживаются бактерии Зонне и Флекснера. Очень редко выделяются бактерии Шига, хотя три десятка лет тому назад они были основным возбудителем дизентерии. Причины смены видового состава дизентерийных бактерий и почти полного исчезновения бактерий Шига неизвестны.