При этом наступают функциональные расстройства, возникающие в результате первичных изменений структур и биохимических процессов, как, например, расстройство процессов дыхания, повышение проницаемости стенки микроба, когда в клетку усиленно поступает вода, а из нее выделяются необходимые ей питательные субстраты. Наряду с этим в клетке происходят нарушения жизненно важных структур, как, например, репродукция нуклеиновых кислот, синтез белка.
Химиотерапевтические средства, вызывающие непосредственное повреждение органелл или молекулярных структур, обычно связываются возбудителем в больших количествах и оказывают бактерицидное действие.