Лечение антибиотиками широкого спектра действия (левомицетин, стрептомицин, тетрациклины) приводит в некоторых случаях к развитию суперинфекций заболеваний, связанных с нарушением нормальных взаимоотношений между микрофлорой организма. Это осложнение связано с подавлением роста чувствительных к применяемому препарату микробов и бурным размножением устойчивой флоры. Преобладание в кишечнике патогенных стафилококков и дрожжевых грибов (Candida albicans) приводит к развитию колитов, энтероколитов и даже генерализованной инфекции кандидамикозу.
Наиболее тяжелым осложнением является псевдомембранозный стафилококковый энтероколит.