Учение об антибиотиках тесно связано с существованием антагонизма в мире микробов. Антагонизм, или антибиоз, развивается среди тех видов микроорганизмов, которым приходится вступать между собой в сложные конкурентные отношения. Чаще всего это происходит среди многочисленных микробных популяций, находящихся в почве.
Еще в 1887 г. Пастер обнаружил подавление роста сибиреязвенных бацилл гнилостными бактериями при совместном их выращивании. На основании этого им было высказано предположение об использовании явления антибиоза для лечения ряда заболеваний. Идея об антагонизме микробов нашла практическое применение в трудах II. И. Мечникова, предложившего использовать антагонистическое действие молочнокислых бактерий на гнилостную флору кишечника.